PCR-Primer entwerfen – So geht’s!

Oligonukleotid-Primer sind unverzichtbar für eine erfolgreiche PCR. Sie müssen so gestaltet sein, dass sie zur DNA-Matrize passen. Chemisch werden sie synthetisiert, indem Nukleotide schrittweise aneinandergefügt werden – dabei müssen reaktive Gruppen gezielt blockiert und wieder freigegeben werden. Der entscheidende Punkt: Primer müssen zur Matrizen-Sequenz komplementär sein, also zur Vorlage passen. Allerdings müssen sie nicht perfekt übereinstimmen; wichtig ist nur, dass das 3’-Ende des Primers exakt zur DNA-Matrize passt, damit die Verlängerung stattfinden kann. Meistens endet das Primer-3’-Ende mit einem Guanin oder Cytosin, während das 5’-Ende oft aus mehreren Nukleotiden besteht. Zudem müssen die 3’-Enden der hybridisierten Primer zueinander zeigen.

Kapitel:
0:00 Einführung in die Primer-Entwicklung
0:57 Primer-Länge
1:26 Annealing- und Schmelztemperatur
2:27 Nukleotidzusammensetzung im Primer
3:20 Sekundärstruktur
4:04 Du hast gerade einen Primer entworfen!

Danksagung
Mit: Jennifer Tsang
Gedreht von: Jennifer Tsang
Drehbuch: Jennifer Tsang & Quintin Marcelino
Regie, Animation & Schnitt: Quintin Marcelino