Comment concevoir des amorces pour PCR

Les oligonucléotides (amorces) sont indispensables pour réaliser une réaction de PCR. Il faut concevoir des amorces complémentaires à la région matrice de l’ADN. Elles sont synthétisées chimiquement en assemblant des nucléotides un à un. Pour cela, il faut bloquer et débloquer successivement les groupes réactifs d’un nucléotide lors de l’ajout de chaque base.

La propriété principale des amorces est qu’elles doivent correspondre à des séquences sur la molécule matrice (être complémentaires au brin matrice). Cependant, elles n’ont pas besoin d’être parfaitement complémentaires au brin matrice dans son intégralité. Il est en revanche essentiel que l’extrémité 3’ de l’amorce corresponde parfaitement au brin d’ADN matrice pour permettre l’allongement. On utilise généralement une guanine ou une cytosine à l’extrémité 3’, et l’extrémité 5’ de l’amorce comporte souvent une série de plusieurs nucléotides. De plus, les deux extrémités 3’ des amorces hybridées doivent être orientées l’une vers l’autre.

Chapitres :
0:00 Introduction à la conception d’amorces
0:57 Longueur des amorces
1:26 Températures d’hybridation et de fusion
2:27 Composition des nucléotides dans l’amorce
3:20 Structures secondaires
4:04 Vous venez de concevoir une amorce !

Crédits
Avec : Jennifer Tsang
Réalisé par : Jennifer Tsang
Scénario : Jennifer Tsang & Quintin Marcelino
Rédaction, animation et montage : Quintin Marcelino