PCR-primers ontwerpen: stap voor stap uitgelegd

Oligonucleotide primers zijn essentieel voor een PCR-reactie. Ze moeten zo worden ontworpen dat ze complementair zijn aan het DNA-matrijsgedeelte. Ze worden chemisch gesynthetiseerd door nucleotiden één voor één aan elkaar te koppelen, waarbij reactieve groepen selectief geblokkeerd en weer vrijgegeven worden. Het belangrijkste kenmerk van primers is dat ze moeten passen bij de sequenties op de matrijsmolecuul (complementair moeten zijn aan de matrijsketen). Ze hoeven niet helemaal perfect te passen; wel is het cruciaal dat het 3’-einde van de primer volledig complementair is aan de DNA-matrijs, zodat verlenging kan plaatsvinden. Meestal wordt een guanine of cytosine gebruikt aan het 3’-einde, terwijl het 5’-einde van de primer vaak uit meerdere nucleotiden bestaat. Ook moeten de 3’-einden van de gehybridiseerde primers naar elkaar toe wijzen.

Hoofdstukken:
0:00 Inleiding tot primerontwerp
0:57 Lengte van de primer
1:26 Annealing- en smeltemperatuur
2:27 Nucleotiden in de primer
3:20 Secundaire structuur
4:04 Je hebt net een primer ontworpen!

Aantekeningen
Met: Jennifer Tsang
Gefilmd door: Jennifer Tsang
Geschreven door: Jennifer Tsang & Quintin Marcelino
Regie, animatie en montage: Quintin Marcelino